3D-computersimulaties (numerieke modellen) zijn gebaseerd op "eindige verschillen" of "eindige elementen" methoden. De code die wereldwijd het meest wordt gebruikt en erkend wordt in grondwatersimulaties is MODFLOW (United States Geological Survey).
In een 3D-model kan rekening gehouden worden met sterke overgangen in geologie, aanwezigheid van rivieren, wanden, drains, ...
Ook de verplaatsing van een verontreiniging kan gesimuleerd worden in een model. Bovendien kan een model tijdsafhankelijk gemaakt worden waardoor de verschillende fasen van een project mee in rekening worden genomen.
Echter, hoe complex en verfijnd een model ook mag zijn, het zal altijd een simplificatie zijn van de realiteit en gebaseerd op een aantal assumpties. Volgende quote uit de literatuur illustreert dit best: "All models are false, some models are useful". Het is dus cruciaal dat de modelleur op basis van kunde en ervarenheid beslist welke factoren verwaarloosbaar zijn en welke mee moeten in rekening worden gebracht. Deze eerste conceptuele fase, die zich volledig voltrekt in de gedachten van de modelleur, maakt of de uitkomst van het model al dan niet nuttig zal zijn.