Bij het retourneren van grondwater zullen de retourputten opnamecapaciteit verliezen. Dit komt doordat fijne deeltjes, luchtbellen en/of bacteriële groei zich nestelt in het grind van de retourput.
Neerslag is zuurstofrijk dankzij de zuurstof in de atmosfeer. Wat niet afvloeit, niet verdampt of wordt opgenomen door vegetatie zal uiteindelijk de grondwaterreserves aanvullen. Het bovenste en "jongste" grondwater is dus nog zuurstofhoudend. Naar mate het dieper zakt wordt de zuurstof opgebruikt. Wanneer het Mn- en Fe-rijk dieper grondwater in aanraking komt met zuurstof, zij het aan de atmosfeer of wanneer het gemengd wordt met ondiep zuurstofrijk grondwater, dan zullen Fe en Mn oxideren met de typische roestbruine neerslag tot gevolg waardoor retourputten snel verstoppen. Bepaalde bacteriën maken gebruik van deze reacties en indien voldoende voeding (stikstof) aanwezig, dan wordt het verstoppingseffect exponentieel versterkt. Een gesloten retourbemaling is dus noodzakelijk alsook een juiste dimensionering van bronnen en retourputten.
Indien organisch materiaal aanwezig in de grond, dan zal dit ontbinding in anoxische omstandigheden en Methaan en H2S worden gevormd. Deze gassen zijn opgelost in het grondwater doordat het op diepte (= druk) zit. Wanneer het aan de oppervlakte komt ontgast het water en vormt zich schuim en kan het gas dat vrij komt zelfs spontaan ontbranden (zie foto). Bij ontgassing in een retourput veroorzaakt dit een zeer snelle en dramatische (niet reversibele) verstopping van de retourput.